Skovgaard Museet har arvet Skovgaardarkivet efter Joakim Skovgaards søn Peter Skovgaard. Arkivet rummer ca. 5000 breve, som er fordelt over 172 mapper. Arkivet er interessant i dag på grund af Skovgaard-familiens mange nære relationer til betydningsfulde personer i dansk historie samt deres rolle på den danske kunstscene.

Den ældste del af arkivet er fra P.C. Skovgaards generation, som ikke blot giver et unikt indblik i guldalderen, men også i samfundet og den politiske scene. Her kan nævnes korrespondancer med: Constantin Hansen, J. Th. Lundbye, N.L. Høyen, N.F.S. Grundtvig og Orla Lehmann. Den næste generation består af P.C. Skovgaards børn: Joakim Skovgaard, Niels Skovgaard og Susette Holten, født Skovgaard.

Arkivet indeholder korrespondancer vedrørende udsmykninger, personlige kærlighedsskildringer, beskrivelser af arbejdsgange, breve fra rejser m.m. Brevene giver et indblik i personernes liv og færden og skildrer samtidig et interessant billede af deres samtid både politisk og kunstnerisk. Derfor er brevarkivet en relevant kilde i dag, som løbende vil blive udgivet her